畜牧兽医系创建于1960年，是学院的传统优势专业系部和主干教学系部之一。现有教职工53名，全日制在校学生713人。设有畜牧兽医专业、动物医学专业、宠物医疗技术专业、医学动物实验专业、运动马驯养与疾病防治专业、动物药学专业6个专业。其中，畜牧兽医专业是国家教育部“高校高职高专专业教育教学改革”试点单位，北京市“现代化标志专业”、“骨干特色专业”、“国家级示范性建设专业”。动物医学专业群是北京市特色高水平专业群建设项目。2021年畜牧兽医系获得全国巾帼建功先进集体称号。

师资力量雄厚。专职教师及实践指导教师44名，其中教授8名，推广教授5名，副教授13名，推广副教授7名，高级实验师7名。博士后1名、博士研究生4名、硕士研究生34名。3名全国农业职业教育教学名师，2个北京市高等学校教学名师，7名教师被畜牧兽医类行业选为副理事长、常务理事，双师型教师38名。享受国家特殊津贴1人。设有动物科学院院士工作站和奶牛产业科技资源工作站各一个。

教学设施完备。畜牧兽医系教学设施设备先进、充足。校内拥有校内有动物解剖、动物生理、动物病理、动物微生物、动物外科、动物临床诊断、动物预防、动物营养与饲料、畜牧综合、中兽医等18个实验实训室。校内拥有生态养殖园、畜牧兽医湖畔实训园、教学动物医院、动物胚胎移植应用技术中心、现代化种禽繁育中心、宠物驯养中心和兽药生产与检测实验室等综合实训基地，校外有首农集团、新瑞鹏宠物医疗集团、北京瑞派京华医疗科技有限公司、全心全意连锁动物医院、北京美联众合动物医院联盟机构、北京芭比堂动物医院有限公司、北京实验动物研究中心、中国检验检疫科学研究院综合检测中心、北京跬步实创生物科技有限公司、北京天星调良国际马术俱乐部有限公司、熙柯佑尔(北京)国际马术俱乐部、北京牧达饲料有限责任公司、北京双萍养殖有限公司、北京六马大好河山农牧科技有限公司等49家合作紧密的校企合作基地，充分满足师生的教学、科研、实习、实训及就业。

教科研成果丰硕。获得全国教育教学成果二等奖1项，北京市职业教育教学成果一等奖项，二等奖2项，全国农业职业教育教学成果二等奖3项，农业部教育教学改革成果一等奖1项。《动物疾病诊疗技术》获国家级精品课程。《养禽与禽病防治》、《宠物疾病诊治》获北京市级精品课程。主编《动物疾病诊疗技术》等十三五规划教材3部，其中《宠物疾病诊治》被评为北京市精品教材。《动物疾病诊疗技术》、《动物营养与饲料加工》获得全国高等农业职业教育精品教材。申请发明专利发明专利1项，新型实用专利25 项。教师出版专业学术著作89种，在国家级学术刊物上发表了专业学术论文429篇，其中SCI 15篇。获得农业部全国农牧渔业丰收奖1项，北京市科技推广一等奖1项、二等奖1项、三等奖3项。获得中国职业技术教育委员会教学能力比赛一等奖1项，全国职业院校教师教学能力大赛二等奖2项，北京市教职院校教师教学能力大赛一等奖2项，二等奖1项、三等奖1项。

学生综合素质高。注重学生综合素质培养，不断提升人才培养质量，学生在各级各类职业技能大赛中斩获佳绩。其中全国职业院校学生职业技能大赛一等奖1项，二等奖3项，三等奖1项。中国小动物临床技能大赛团体特等奖5项、一等奖1项，二等奖3项。12人获北京市职业院校学生技能大赛一等奖，1人获北京市职业技能大赛冠军。2010年起连续组织开展赴河北省赤城县暑期社会支教活动，多次获得首都高校暑期社会实践优秀团队和优秀成果奖;2011年成立大学生创业基地，先后孵化企业3家，获得“互联网+”创新创业大赛市赛二等奖2项、三等奖4项;学生在首都高校田径运动会中荣获项目第一名40余人次，4人在全国大学生田径锦标赛中获奖……经过在校学习培养，学生具备扎实的专业理论知识、精湛的实践动手能力和较强的综合素质，毕业生深受用人单位青睐，就业率始终保持在98%以上;2017年以来，有121名毕业生考取北京农学院本科，34名毕业生考取硕士研究生，1名毕业生考取博士研究生。

畜牧兽医系以“创一流”为目标，积极践行 “教育为社会服务，教学为求学者服务”的办学理念，团结、奋斗，开拓、进取、创新，积极适应北京经济社会发展需要，培养应用型畜牧兽医类高端技术技能型专门人才。