福建卫生职业技术学院药学院为学校5个二级专业院系之一，前身是成立于2005年的药学系，2020年11月更为现名。学校自1954年开办药学专业，1978年开始在我省率先开办药学大专班，是我省最早的药学人才培养基地，是福建省药学会常务理事单位和福建省药师协会副会长单位，也是福建省药师协会执业药师继续教育面授施教机构之一。药学院开设有药学、中药学、药品生产技术、药品经营与管理和药品质量与安全五个专业，现有在校生2134名。

药学院专业办学实力雄厚，校内实训基地拥有数码显微互动实验室、药物制剂实验室、药物分析实验室等29个实验室，1个生物医药工程中心，总面积达7815m2，实训设备总值近1200万元。拥有福建广生堂药业有限公司、福建康佰家大药房连锁有限公司、厦门中药厂、厦门金日集团等校外实习基地80余家。药学专业获批首届全国职业院校健康服务类示范专业、省高等职业教育示范专业及省级精品专业;中药学专业获批省高等职业教育示范专业;2021年学校药学专业群入选福建省高水平专业群立项建设项目。

药学院拥有一支敬业奉献的教学团队，现有专任教师36人，实验技术人员8人，其中高级职称教师18人，博士学位教师7人，省级高职院校专业带头人3名，省高校杰出青年科研人才培育计划2名。2021年药学院《天然药物学基础与应用》课程获批教育部课程思政示范课程，课程教学团队获批教育部课程思政教学团队，5名教师获批教育部课程思政教学名师。近五年教师获省级及以上职业院校教学能力大赛奖项9项，其中全国职业院校信息化教学大赛高职组信息化教学设计国赛二等奖和三等奖各1项，主编、副主编公开出版教材十三部。药学院还牵头组织人民卫生出版社全国职业教育药学专业创新融合教材的编写工作，其中药学院教师担任主编、副主编的教材有8部。教师主持的科研项目获省厅级科研项目立项54项，承接企事业委托横向课题15项，申报国家专利及软件著作权20项，其中获得发明专利授权9项。教师研发成果“国家化学药品3.1类新药—伏立诺他及其胶囊剂”获得国家食品药品监督管理局药物临床试验批件，并获2017年福建省医学科技奖三等奖。

药学院高度重视学生综合素质、应用创新能力的培养，设立“本草社”“膳饮工坊”“植物医馆”等学生专业社团，近五年学生获得全国及福建省高等职业院校技能大赛奖项47项，其中国家级6项，省赛一等2项和二等奖7项;获得全国及福建省创新创业大赛奖项9项，国家级二等奖1项，省级一等奖2项。近三届毕业生就业率均在96%以上，专业对口率高，就业质量逐年提升。

药学院积极服务福建省医药产业发展，与行业企业共建“企业职工培训中心”“职业等级技能证书培训中心”和“执业药师继续教育培训中心”等培训基地，面向医药企业在职员工和社会大众开展各类职业技能培训、安全用药服务指导和“医药商品购销员”等技能等级证书职业技能鉴定等服务，每年培训达2000人次以上。

药学院将持续秉承“业精德诚”的校训精神，坚持不懈贯彻高质量发展理念，打造福建省药学及相关专业的复合型技术技能人才培养高地和医药应用创新技术服务平台。