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药学系现有药品经营与管理、药品生产技术(药物制剂方向)、健康管理、食品检验检测技术四个专业。其中药品经营与管理专业在2008年评为省级精品专业、2014年评为省级示范专业。从学院办校至今，药学系已经培养了十届毕业生，为社会输送了上千名毕业生，为地方经济和区域产业发展做出了有益的贡献。众多的毕业生已经成为了企事业高级主管和高级专业技术人才。
药学系目前拥有18名专兼职教师，其中副教授2名、高级营养师3名、中级讲师3名;近三年来，药学系共获得和完成科研课题项目5项、发表论文十余篇、完成与企业合编教材2部。
药学系现拥有模拟药房实训室、基础化学实验室、药理实验室、微生物实验室等14间实训(实验)室。同倍力优(福建)健康管理有限公司、知心天瑞健康管理有限公司开展校企合作，与国药控股、康佰家医药连锁、大参林医药连锁、泉州奕诗健康管理等在人才输出、师资互派、资源共享等方面有广泛的合作联系。
医药健康产业是朝阳产业。药学系专业设置是契合了国家“健康中国”的战略发展方向，是符合大众对医药健康服务日益增长的需求，是有着广阔就业方向和发展空间的专业群落。
主院校地址：福建省福州市闽侯县南屿镇双龙村
福屿校区地址：福州市西二环中路218号
