医疗系成立于二〇〇七年三月，是由原中医系发展而来。医疗系师资力量雄厚，具有一大批临床及教学经验丰富的教师，现有国家级名老中医1人，享受国务院特殊津贴专家1人，省政府政府津贴专家3人，市政府特殊津贴专家5人，有江西省百千万人才4人，江西省名中医7人，江西省教学名师3人。

医疗系设有中医学、中医骨伤、针灸推拿、医学美容技术、康复治疗技术、医学检验技术、中医养生保健七个专业，形成了中医学、康复保健2大专业群。现有1个中央财政重点支持建设专业(中医学)，2个江西省特色专业（中医学、针灸推拿）。中医学专业的“岗位引领、强化技能中医人才培养模式创新改革”获批江西省人才培养模式创新实验区，《“岗位引领，强化技能”中医人才培养模式改革实践》获得江西省教学改革成果二等奖，学生在首届“慧医谷杯”全国中医大学生临床能力大赛中荣获三等奖。针灸推拿专业学生多次代表江西在全国大赛上获奖，在“全国中医药职业教育技能大赛---针灸推拿技能大赛”中荣获团体一等奖、多个项目个人一等奖、及个人全能一等奖。医学美容技术专业学生多次在江西省、国家级比赛上获奖，在“全国高等院校暨行业医学美容技能竞赛”中荣获团体三等奖、多个项目个人二、三等奖，在江西省“振兴杯”美容美发行业职业技能竞赛摘得金牌。

学校处旴江医学发祥地江西省抚州市，有国家中医流派（旴江医学）建设基地，为更好传承和培养旴江医学接班人，医疗系于2017年开始设置旴江医学试点班，按照“院校教育”与“师承教育”相结合的新型人才培养模式，采取“早临床、多临床、反复临床”人才培养思路，切实培养地方特色中医人才。

医疗系设置有中医内儿科教研室、西医内儿科教研室、方剂中药教研室、中医基础教研室、针灸推拿（含中医养生保健）教研室、美容教研室、外科教研室、中医骨伤教研室、妇科教研室、康复教研室10个教研室；实验实训建设方面拥有：内儿科实训室、中药标本室，中医基础实训室，针灸推拿实训室，中医养生保健实训室、美容实训室、外科实训室、中医骨伤实训室，妇科实训室、康复实训室。拥有中医舌象诊断系统、脉象模拟系统教师机、中医经络腧穴解剖教学平台、多媒体人体针灸穴位交互数字平台、液晶触摸屏足部反射区教学系统、智能高级推拿手法测定系统、高级多种心电图电脑模拟人、高智能数字化成人综合急救技能实训系统、中医临床思维训练系统、妇产科综合技能训练系统、3D虚拟情景互动康复训练系统等国内较先进的教学仪器和设备。

医疗系“双师型”师资力量雄厚，双师素质比例高，绝大多数老师同时参与附属医院的临床任务，实践能力强，成为附属医院的的中坚力量。附属医院拥有省级重点专科4个，即针灸康复中心，胃病中心、老年病、脊柱专科。另外还有糖尿病专科、肝胆专科、皮肤肛肠专科、中医妇科、中医内儿科等特色科室。为满足学生临床见习、实习提供了基地。

医疗系现有在校生近5600人，人才培养质量高，办学效益显著，社会声誉良好，学生就业前景广阔，近三年毕业生就业率均保持在较高水平。随着学校的不断发展，医疗系也正阔步朝着更加辉煌的明天前进！