江西中医药高等专科学校药学系设有中药学、药学、中药制药技术、药物制剂技术和药品经营与管理五个专业，主要为医药相关企业培养从事药品生产、药品销售、质量检验、药品调剂、药剂生产设备维护及管理等岗位的高素质技能型人才。本系现有江西省特色专业2个，江西省人才培养模式创新实验区2个，中央财政支持建设重点专业1个，中央财政支持建设的实训基地1个。设中药、中药制药技术、药物制剂技术、医药营销等四个专业教研室，拥有一支科研、教学、实践能力强的教师队伍，其中正高职称3人，副高职称6人，中级职称12人；博士研究生导师1人；具有硕士学位17人；聘请了26名来源生产一线、具有中高级技术职称的外聘教师。近三年来，本系教师积极进行教科研工作，承担国家自然科学基金课题1项、省部级科研课题8项、省级教学改革课题5项、校级教学改革课题4项，同时承担地厅级及以上自然科学科研课题35项，横向科研课题11项，70％以上专任教师参与科学研究。近三年本系教师撰写并公开发表论文86篇，其中核心期刊35篇，主编参编公开出版的教材共8本，自编校本教材2本。

药学系实验实训场地与设备比较完善，现有8个教学实验（训）室共1870.68㎡、2所研究所（中药研究所、建昌帮炮制技术研究所）、1个中药固体制剂仿真车间实训室及1家附属药厂，其中附属药厂（通过GMP认证）现有中药饮片、滴眼液及外用洗剂生产线。实验实训设施总价值达1320万元，其中包括LC-MS、高效液相色谱仪、气相色谱仪及紫外可见分光光度计等一批先进分析仪器设备。同时不断加大教学改革力度，主动适应社会需求，加大与省内外大中型医药企业的联系，建立了江西汇仁集团、江西博雅生物制药有限公司、江西博士达药业有限公司、江西科伦药业有限公司、抚州回音必集团、茅排野外中草药实践教学基地等39个校外实训基地，能满足学生认知实习、毕业实习的需要，同时也为学生顺利就业提供广阔平台。

药学系学生来自全国近13个省、直辖市、自治区，在校生总人数达1100余人。近三年学生计算机等级考试平均通过率达98％以上；英语等级考试平均通过率达85％以上。近两年职业证书获得率达到99％以上。根据学校就业率统计表明，本系毕业生具有良好的就业前景，2011年就业率达96.1％，2012年就业率达95..8%，2013年就业率达96.4%。

为及时收集人才市场对各专业人才培养的反馈意见，本系每年均进行市场调研。通过对2013届毕业生进行了调查，90.5%的毕业生认为在学校所学专业非常有用或是比较有用；认为培养模式及课程设置与药业比较适应的占91.0%。而用人单位对毕业生整体工作表现评价优秀率高达70.3％，对毕业生工作各项能力评价较好的达90％以上。良好的社会声誉也引起企业的极大关注，如上市企业、全国知名血液生物制品公司——江西博雅生物制药有限公司在本校设立订单培养“博雅班”,以及与康恩贝集团下属江西天施康中药股份有限公司余江分公司合作，设立订单培养“天施康班”。