轨道交通学院是南京交通职业技术学院重点建设骨干院系;2004年2月南京交通职业技术学院院系调整，以原汽车机电工程系的部分教研室为基础，组建机电工程系;2013年3月易系设院，成立机电工程学院;2017年6月更名为轨道交通学院。

轨道交通学院现设有城市轨道交通车辆技术专业、城市轨道交通通信信号技术、城市轨道交通机电技术专业、工程机械运用技术专业、机电一体化技术专业、模具设计与制造专业等6个专业;其中，工程机械运用技术专业为全国交通运输骨干专业、教育部专业服务产业能力提升项目建设点、江苏省特色专业和高水平骨干专业，机电一体化技术专业、模具设计与制造专业、城市轨道交通机电技术专业为学院重点专业。

目前，全日制在校生近1600人，教职工49人，其中教授5人，副教授及高级工程师18人，80%具有硕士及以上学位;具有中国高等职业教育资源库建设项目1个、江苏省自然科学基金项目1个等;同时学院聘请“中国机械工业科技专家”、获得国务院政府特殊津贴的轨道交通著名专家担任产业教授，聘请知名企事业单位的管理和技术骨干担任兼职教师，逐步形成了一支尚德善教、勤奋团结的双师素质教学团队。

轨道交通学院楼宇建筑面积10980平方米，其中实训室面积5575平方米，仪器设备价值2742万元，拥有大型设备76台(套)。学院拥有轨道交通综合实训基地、GE自动控制技术实训中心、ABB校企合作机器人实训中心、先进制造实训中心、液压实训中心、工程机械实训中心、机电一体化实训中心、模具设计与制造实训中心、机械基础实训中心、创新创业中心等10个实训中心30个专项实训(验)室。拥有中央财政支持、省级工程机械实训基地。依托以上平台，积极开展筑路机械操作工及维修工、数控铣(车)、床操作工、钳工、电工、CAD二维绘图师及三维实体造型师等多个工种的技能鉴定。

轨道交通学院不断深化教育教学改革，积极推行产教融合、校企合作、工学结合和现代学徒制的人才培养模式。与南京地铁公司合作开办“南京地铁”订单班，与徐州地铁公司合作开办“徐州地铁”订单班，与苏州地铁公司合作开办“苏州地铁”订单班，共同培养城市轨道交通专业人才。与德国舍弗勒(南京)公司合作开办现代学徒制“舍弗勒班”，共同培养机电、模具等专业人才。与柳工集团合作开办“柳工”订单班，与上海宏信设备公司合作开办现代学徒制“宏信订单班”，共同培养工程机械专业人才。同时，与上海铁路局、南京地铁、徐州地铁、杭州地铁、徐工集团、柳工集团、南京浦镇车辆厂、南京康尼机电、德国舍弗勒公司、美国GE公司、德国博世公司等多家国内外知名企业深度合作，企业捐赠设备总额近1200万元，在加强教科研交流与共同开展社会服务的同时，也为学生的专业实训、顶岗实习以及就业创业提供了强有力的职业技能训练保障。

轨道交通学院注重培养学生的专业技能和综合素质。近年来，学生荣获全国大学生自动化控制设计大赛智能团队最高奖、全国首届高职高专大学生基础力学邀请赛一等奖、全国高职院大学生创新创业作品展优秀作品奖、华东区大学生CAD应用技能竞赛一等奖、第十一届全国交通运输行业“捷安杯”城市轨道交通服务员(学生组)车辆控制赛项职业技能大赛全国总决赛二等奖、全国职业院校工程机械技能大赛二等奖、江苏省大学生创新创意创业优秀成果“最具潜力创意奖”、省高校本专科毕业设计优秀团队奖等;另外，在历届省大学生力学竞赛、理工科大学生人文社科知识竞赛等省级大赛中均创佳绩。

轨道交通学院注重学生学历提升，与南京理工大学合作“机械工程”专业本科自考助学;与苏州大学合作“交通运输”专业本科自考自学项目，学生本科学历、学位获取率达90%以上。近年来，20%毕业生升入本科深造，70%毕业生进入知名企业工作，就业率保持在99%以上;毕业生“下得去、用得上、留得住、干得好、发展快”，得到了社会和用人单位的广泛认可和一致好评。