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临床医学与医学技术系设有内科、外科、妇产科、儿科、中医、预防、检验、影像、康复、口腔10个教研室。目前有临床医学、中医学、医学影像技术、医学检验技术、卫生检验与检疫技术、康复治疗技术、中医康复技术和口腔医学技术8个招生专业。
本系坚持理论教学与临床技能操作训练相结合的教学模式,以临床医学、中医学专业为主体,以医学影像技术、医学检验技术和康复治疗技术专业为主翼,带动中医康复技术、卫生检验与检疫技术技术和口腔医学技术专业的发展,建设成为高质量医疗卫生专业群。教学形式上,以直属附属中煤矿建总医院为依托,与宿州市立医院合作共建临床学院,密切联合皖北煤电集团总医院、非直属附属宿州市第一人民医院、宿州市第二人民医院、宿州市中医医院、非直属附属蚌埠市中医医院、安徽医科大学附属医院、连云港市东方医院、上海中医药大学附属宝山医院、浙江省中西医结合医院等60余家校外实训教学基地,有效实现理论与实践相结合、医教协同的教学理念;教学实力上,除充分利用本校师资和本市临床专家作为教学主力外,还邀请了国内知名专家学者作为我系特聘教授,如康复医学专家叶斌教授、皮肤病博士生导师张汝芝教授,定期来校指导我系专业建设和实际教学工作;教学目标上,以毕业证书和中、西医助理医师资格证书及其他医疗技师资格证书为基准,努力培养双证合一的实用型、高素质医疗卫生专业技术人才。