1951年，为建设川藏公路急需，邓小平领导的西南军政委员会决定在重庆设立西南交通专科学校；11月7日，西南交通专科学校正式成立。

1952年，学校更名为中专性质的西南交通学校。

1953年，更名为重庆公路学校，属中央交通部西南公路管理局领导。

1954年，更名为交通部西南公路学校，9月起，由中央交通部直接领导。

1955年，更名为交通部重庆公路工程学校，由交通部直接领导。

1956年，12月，交由交通部公路总局领导管理，同年11月，又交给交通部教育局管理。

1958年，7月，交通部所属中等专科学校体制下放，交通部重庆公路学校下放归四川省交通厅管理。8月，学校更名为四川省重庆公路工程学校，这是中专时期的最后一次更名。

1960年8月，成都工学院土木系、武汉水运学院水工系、四川冶金学院冶金系迁入四川省重庆公路工程学校，共同组建重庆交通学院，办学地点为重庆市南岸区七公里。

1972年，与重庆建筑工程学院合并。

1979年，恢复重庆交通学院建制，重庆航务工程学校并入。

1979年1月，交通部决定恢复重庆交通学院，并由交通部直接管理。同年5月，重庆航务工程学校与重庆交通学院合并，学校本部从重庆建筑工程学院迁出至重庆航务工程学校校址——重庆市渝中区黄沙溪。

1984年7月，重庆交通学院本部陆续迁回重庆市南岸区七公里。

1985年，经国务院学位委员会批准，重庆交通学院增列为第三批硕士学位授予单位。

1986年，交通部西南水运工程科学研究所并入重庆交通学院。

1999年12月，重庆交通学校（河运校）成建制划归学校

2000年1月，学校由交通部划转重庆市，实行中央与地方共建、以重庆市为主的管理体制。

2000年12月，重庆市交通技工学校（重庆交通科技学校）划归学校管理。

2006年，学校更名为重庆交通大学，并增列为博士学位授予单位。

2007年，学校接受国家教育部本科教学工作水平评估，结论为“优秀”。

2010年，学校成为全国毕业生就业典型经验高校。

2011年，7月，占地2400亩的重庆交通大学双福校区（今科学城校区）一期工程建成。重庆交通大学形成双校区办学格局。9月，学校入选第二批卓越工程师教育培养计划高校。

2013年1月，学校入选国家级大学生创新创业训练计划。

2016年8月，学校入选“中西部高校基础能力建设工程”。

2017年，3月，与北京工业大学等高校共同发起成立“一带一路”中波大学联盟。7月，入选重庆市一流学科建设高校。

2020年5月12日，与四川大学等高校共同发起成立成渝地区双城经济圈高校联盟。

2022年1月13日，入选重庆市高水平“四新”建设高校立项（培育）名单（新工科建设高校立项培育名单）。