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1955年初，根据中央政治局指示，高教部上报关于沿海城市高等学校内迁的方案，建议交通大学迁至西安，上海第一医学院迁至重庆。中央审阅后同意此报告。上海第一医学院在接到卫生部的迁院指示后，开始筹建重庆医学院，并成立筹建委员会。上海市委提出全迁和分迁的两个方案，认为分迁更合理。高教部和卫生部党组提出分迁方案，并在11月得到中央的同意，正式确定分迁方案。
1955年4月7日，上海第一医学院成立重庆医学院筹建委员会，由副院长颜福庆担任主任。
1985年，更名为重庆医科大学。
2002年9月28日，重庆职工医学院并人重庆医科大学，组建重庆医科大学应用技术学院。
2008年，教育部、重庆市《部市战略合作协议》确定重庆医科大学为重点建设大学。
2010年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校。
2012年9月，重庆医科大学获批重庆市首批2011计划协同创新中心—重庆市微无创医学协同创新中心。
2012年12月，入选教育部卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。
2015年，成为教育部、国家卫健委和重庆市人民政府共建高校。
2016年，重庆医科大学“母胎医学创新引智基地”入选2016年度地方高校“高等学校学科创新引智计划”（以下简称“111计划”）名单，成为西南地区第一所获批立项的地方高校。
2019年9月，重庆医科大学获批微无创医学省部（教育部）共建协同创新中心。
2022年5月，重庆医科大学国际教育学院成立。
2023年10月29日，重庆医科大学公立医院党建研究中心正式揭牌成立。
2024年6月25日，重庆医科大学莱斯特大学联合学院揭牌。
主院校地址：重庆市重庆市重庆市渝中区医学院路1号
